Awal pendirian Fakultas Teknik dimulai pada tahun 1961 dimana pada masa pemerintahan Presiden Sukarno, dilakukan rencana pembangunan Institut Teknologi Ambon (ITA) berlokasi di Poka – Ambon. Proyek ini kemudian diubah menjadi Proyek Fakultas Teknologi Ambon (FTA). Dimana pembangunan Proyek ini mendapat bantuan dari Pemerintah Russia pada saat itu. Adapun perencanaan proyek berserta peralatan-peralatan yang digunakan pada kompleks kampus FTA berasal dari negara ini.
Proyek ini tidak dapat diteruskan setelah tahun 1965, dimana bantuan luar negeri dihentikan sehingga pembangunan proyek tersebut dihentikan dikarenakan tidak adanya biaya. Melalui prakarsa Pimpinan Proyek Lokal pada waktu itu yakni Ir. L. Nanlohy maka diusahakan untuk memanfaatkan fasilitas-fasilitas yang telah ada dan gedung-gedung yang telah selesai dibangun pada saat itu.
Gedung-gedung yang telah selesai dibangun dan peralatan-peralatan yang telah terinstalasi yang berasal dari Russia, memberikan kemungkinan untuk didirikan suatu Fakultas Teknik dengan fokus pada bidang Teknik Perkapalan. Selanjutnya, dengan dibantu oleh tenaga-tenaga anak daerah Maluku yang telah menyelesaikan pendidikan Teknik di Russia pada tahun 1968, maka digagaslah pendirian Fakultas Teknik yang berfokus kepada Bidang Teknik Perkapalan.
Pendirian Fakultas Teknik mendapat pengesahan dari Pemerintah Republik Indonesia dengan Surat Keputusan Mendikbud No. 0173/1969 tanggal 31 Desember 1969. Peresmiannya Fakultas Teknik dilakukan pada tanggal 16 April 1970 oleh Presiden Republik Indonesia yang kedua, Soeharto.
Fakultas Teknik merupakan salah satu fakultas eksakta pada Universitas Pattimura Ambon. Sebagai Dekan yang pertama dari Fakultas Teknik adalah Ir. L. Nanlohy, mantan pimpinan Proyek FTA.
Pada awalnya Fakultas Teknik hanya memiliki 1 (satu) Jurusan saja yakni, Jurusan Teknik Perkapalan dan terbagi atas dua bidang peminatan masing-masing:
- Bidang Bangunan dan Reparasi Kapal.
- Bidang Permesinan Kapal.
Pada mulanya pendidikan dilakukan hanya pada jenjang Bachelor (sarjana muda) dengan masa Studi 4 tahun. Semua Fasilitas dan tenaga eks FTA dipergunakan termasuk tenaga-tenaga administrasi.
Melihat Fasilitas yang telah ada dan kebutuhan masyarakat akan tenaga Serjana Perkapalan dan ditunjang dengan ketersediaan tenaga pengajar yang tersedia, maka pada tahun 1976-1977 jenjang Pendidikan Bachelor ditingkatkan dengan dibukanya jenjang pendidikan Sarjana. Pendidikan tingkat Sarjana ini mempunyai 2 Jurusan:
- Jurusan Bangunan Kapal dan Reparasi Kapal,
- Jurusan Permesinan kapal.
Sesuai Keputusan Dirjen Pendidikan Tinggi No. 105/Dikti/Kep/1984, tanggal 21 Agustus 1984, maka Fakultas Teknik memiliki 2 Jurusan dan 2 Program Studi yakni:
- Jurusan Teknik Perkapalan dengan Program Studi Teknik Perkapalan
- Jurusan Teknik Permesinan Kapal dengan Program Studi Teknik Permesinan Kapal.
Pada Tahun 1996 Jurusan Permesinan Kapal membuka 3 Program Studi baru yakni:
- Program Studi Teknik Mesin
- Program Studi Teknik Sistem Perkapalan
- Program Studi Teknik Industri
Dengan Keputusan Rektor Universitas Pattimura No. 308/UN13/SK/2013, tanggal 02 Juli 2013 dan No. 309E/UN13/SK/2013, tanggal 05 Juli 2013, pembentukan minat program-program studi:
- Program Studi Teknik Sipil
- Program Studi Sistem Informasi Industri
- Program Studi Perencanaan Wilayah dan Kota
Dengan jenjang pendidikan yang ditawarkan adalah sarjana lengkap S1 dengan waktu studi 4 tahun dengan jumlah SKS sebanyak 160 kredit.
Susunan kepemimpinan Fakultas Teknik dari awal pendiriannya hingga saat ini adalah sebagai berikut :
Periode 1970 – 1972: Ir. L. Nanlohy (alm) (alumni ITB Bandung)
Periode 1972 – 1973: Ir. D. Pesurnay, M.Sc (alm) (alumni Russia)
Periode 1973 – 1975: Ir. A. F. Tutuhatunewa, M.Sc (alumni Russia)
Periode 1975 – 1978: Ir. D. Pesurnay, M.Sc (alm) (alumni Russia)
Periode 1978 – 1983: Ir. M. Wattimury (alm) (alumni ITB Bandung)
Periode 1983 – 1990: Ir. A. F. Salamony, M.Sc (alumni Russia)
Periode 1990 – 1995: Ir. J. Asthenu, M.Sc (alm) (alumni Russia)
Periode 1995 – 2001: Ir. Manuhutu, M.Sc (alumni Russia)
Periode 2001 – 2009: Ir. A. Gaspersz, M.Sc (alumni ITB Bandung)
Periode 2009 – 2013: Ir. J. Nanlohy. M.Eng (alumni Jepang)
Periode 2013 – 2017: Ir. D. Ilela. BSE, MT (alumni ITS Surabaya)